Verwarm de oven voor (elektrisch: 180°C / hetelucht: 160°C). Meng voor de topping het brood met de knoflook, de sjalotjes en de tijm. Verdeel het mengel over een bakplaat en bak in de oven tot het brood goudbruin en krokant is. Maal het mengsel in een keukenmachine tot grof broodkruim. Meng de olijfolie en het citroensap erdoorheen. Prik de aubergines rondom in met een vork of satéprikker. Leg de hele aubergines op een bakplaat en rooster ze ca. 30 minuten in de oven tot ze helemaal zacht zijn. Verwarm intussen de olie in een grote pan. Voeg de ui en de paprika toe, dek af en fruit 7-8 minuten op laag vuur. Voeg de knoflook, het komijnpoeder en de chilivlokken toe. Fruit nog ca. 1 minuut zonder deksel. Halveer de aubergines als ze gaar zijn in de lengte, schep het vruchtvlees eruit en hak het grof. Voeg de gehakte aubergine toe aan het paprikamengsel en stoof kort mee. Voeg de courgette toe en breng op smaak met zout. Stoof nog ca. 4 minuten. Voeg de tomaten toe en breng op smaak met zout en peper. Stoof nog ca. 10 minuten tot de groenten zacht zijn en de saus wat ingedikt is. Vul de uitgeholde aubergines met het groentemengsel en strooi er het broodkruim overheen. Bak de aubergines ca. 15 minuten in de oven.